По-късно, с решение на Министерския съвет от 17. 09. 1948 г., се учредява Селскостопанската академия в която от Софийски университет преминават четири факултета – Агрономически, Зоотехнически, Лесотехнически и Ветеринарномедицински. В обучението на студентите по животновъдство са участвали учени от световна величина като акад. Янаки Моллов, акад. Георги Хлебаров, акад. Кирил Павлов, акад. Никола Платиканов, акад. Стефан Куманов, акад. Кирил Братанов, проф. Жельо Ганчев, а също и класикът на българската драматургия, д-р по ветеринарна медицина, проф. Димитър Димов и мн. др. През 1974 г. Зоотехническият и Ветеринарномедицинският факултети са пребазирани от София в Стара Загора. Така се създава Висшият институт по зоотехника и ветеринарна медицина – първото висше учебно заведение в града на липите. През 1983 г. Зоотехническият факултет е преименуван в Зооинженерен, през 1992 г. в Аграрно-животновъден, а през 1996 г. – в Аграрен. Това се налага от въвеждането на нови специалности свързани с аграрното производство. От 1995 г. Аграрният факултет е в структурата на Тракийски университет, гр. Стара Загора. Обучението на студентите се осъществява от 86 висококвалифицирани преподаватели от които 19 професори, 35 доценти и 32 главни асистенти и асистенти. От тях 13 са със звание “д-р на науките” и 59 са доктори по различни направления. На 18.03.1999 г. Аграрният факултет е акредитиран от Националната агенция за оценяване и акредитация. Така факултетът е легитимиран да обучава студенти по посочените специалности на образователно – квалификационни нива: Бакалавър, Магистър и Доктор. В Аграрния факултет се прилагат съвременни алтернативни методи на обучение, мобилност на студенти във висши училища в страната и чужбина.